Lata te stanowiły dramatyczną kartę w historii szkoły. Liceum zostało przejęte przez okupanta, a wielu nauczycieli i uczniów przeszło prawdziwą gehennę wojenną walcząc i ginąc w bojach pod Grudziądzem i Kutnem, w obronie Poczty Gdańskiej, Warszawy i Powstaniu Warszawskim. Podczas okupacji hitlerowskiej w Polsce, w budynku szkolnym istniały dwie szkoły zorganizowane przez Niemców: Hauptschule i Oberschule. W połowie października 1939 roku zarządzono masowe aresztowania nauczycieli. Wówczas została uwięziona między innymi nauczycielka naszego Gimnazjum Genowefa Kuligowska, rozstrzelana później w lasku bratiaskim. Dyrektor szkoły Bogumił Hoffman został uwięziony za działalność antyniemiecką w okresie plebiscytu z 1920 roku oraz kierowanie polskim Gimnazjum. Dotychczas ustalono dane o śmierci 24 uczniów, z których 8 zginęło w walce z okupantem, 13 zostało rozstrzelanych, a 3 zginęło w niemieckich obozach koncentracyjnych.
